Úkoly inspekce jsou vymezeny zákonem o Generální inspekci bezpečnostních sborů č. 341/2011 Sb. Hlavním předmětem činnosti je vyhledávat, odhalovat a vyšetřovat skutečnosti nasvědčující tomu, že byl spáchán trestný čin, jehož pachatelem je příslušník Policie České republiky, celník, příslušník Vězeňské služby, příslušník inspekce anebo zaměstnanci těchto útvarů.
Inspekce také provádí zkoušku spolehlivosti vůči protiprávnímu jednání uvedených příslušníků a zaměstnanců. Navrhuje proti takové činnosti opatření a vydává metodická doporučení pro činnost jednotlivých bezpečnostních sborů.